ד"ר אברהם סמסון

ד"ר
פיתוח כלים חישוביים לעיצוב תרופות
ד"ר אברהם סמסון
טלפון: 
דוא"ל בר-אילן: 
תחום הוראה: 
ביוכימיה
פרמקולוגיה
תחום מחקר: 
ביוכמיה
מרכז מחקר: 

תחומי מחקר

 

* ביואינפורמטיקה

 

פיתוח כלים חישוביים לעיצוב תרופות (drug design)

אנו מפתחים כלים חישוביים לפתרון בעיות ביורפואיות כגון ניבוי אתרי קישור, חיזוי תנועה, ועיצוב תרופות. בעבר, פיתחנו תוכנה לניבוי אתרי קישור על סמך מבנה בלבד שרמת דיוקו מגיעה לתשעים אחוזים. כעת אנו מעוניינים כמובן להגיע למאה אחוזים. אנו גם מפתחים תוכנה לעיצוב תרופות על סמך תנודות מקומיות באתר הקישור, ומייעלים תרופות הנקשרות לרצפטור לאצטילכולין ולאצטילכולין אסטראז ומשפרים את כושר הריכוז בחולי אלצהיימר ודמנציה.

 

חישוב תנועה של ביומולקולות (molecular dynamics) להבנת תופעות ביוכימיות-

אנו מפתחים כלים לחישוב תנועה ביומולקולרית, ונעזרים בהם להבנת תופעות ביוכימיות. בעבר, חישבנו כיצד נפתחת התעלה היונית ברצפטור לאצטילכולין, ואיך היא נמנעת לאחר קישור רעלני נחשים. גם חישבנו איך מתרחש שינוי הקונמפורמציה בפריונים המלווה את תהליך ההידבקות במחלת הפרה המשוגעת. כעת אנו מחשבים איזו תנועה נחוצה לפעילותם של ביומולקולות אחרות (אנזימים, תעלות, רצפטורים, ריבוזומים וכו'.).

 

* תהודה מגנטית גרעינית (תמ"ג)

 

פיענוח מבנה חלבון באמצעות תמ"ג-

אנו מפענחים מבני חלבון בתלת מימד באמצעות תהודה מגנטית גרעינית (NMR). בעבר פיענחנו את המבנה של רעלני נחשים, רצפטורים, פפטידים מוירוס HIV, וכו'. כעת אנו מפענחים מבנים של פפטידים פריוניים כדי לאמת את שינויי הקונפורציה שניבאנו, ולחשוף את מנגנון ההידבקות של פריונים.  בנוסף אנו נעזרים בתמ"ג לאימות החיזויים בתחום הביואינפורמטי.