ד"ר מילנה פרנקל- מורגנשטרן

ד"ר
ד"ר מילנה פרנקל- מורגנשטרן
טלפון: 
דוא"ל בר-אילן: 
תחום מחקר: 
חקר הסרטן
מרכז מחקר: 

תחומי מחקר

המחקר של ד"ר מילנה פרנקל-מורגנשטרן מתמקד באסטרטגיות לזיהוי אתרי מטרה פוטנציאליים לפיתוח תרופות לריפוי תאים סרטניים. אתרי המטרה לתרופות אותם אנו מחפשים הינם תעתיקי איחוי (fusion transcripts) לא תקינים, הידועים גם בשם "כימרות רנ"א", אשר קורות כמעט ורק בתאים סרטניים מסוגים שונים. ד"ר פרנקל-מורגנשטרן מסווגת תעתיקי איחויי אלו הקשורים לסרטן ואז מנתחת את התוצר החלבוני שנוצר מהם, במטרה למצוא אתרי מטרה פוטנציאליים לפיתוח תרופות לסרטנים אלו. אתגר המפתח הוא היכולת לזהות את אירועי האיחוי הקשורים ישירות לשינויים ביוכימיים בתפקודי התאים.

 

דוגמאות לפרויקטים במעבדה:

 

למידת השינויים שגורמים תעתיקי איחוי ברשתות מטבוליות, בכדי להבין איחויים אונקולוגיים הגורמים להתפתחות סרטן

באופן פיזיולוגי החלבון ABL נע בין הגרעין לציטופלסמה. אולם, כאשר הוא מאוחה לחלבון BCR הוא מאבד תכונה זו ונשאר רק בציטופלסמה, שם הוא מתקשר עם חלבונים רבים הקשורים לתהליכים סרטניים. הפעילות של ABL טירוזין קינאז משופעלת באופן רציף ע"י הצמידות ל- BCR ובכך מביאה להעדפה של דימריזציה או טטרהמיזציה וכתוצאה, לזרחון עצמי. זירחון עצמי זה מגביר את מספר שיירי הפוספו-טירוזין על BCR-ABL וכן לאינטראקציות א-נורמליות בין האונקו-חלבון BCR-ABL ומולקולות ציטופלסמטיות נוספות הגורמות להפרעה לתהליכי מפתח בתא. לדוגמא, קינאזה המשופעלת ע"י Ras מיטוגני ( Ras–mitogen-activated protein kinase - MAPK) גורמת לשגשוג תאי מוגבר (פרוליפרציה); הצמידות של JAK-STAT (Janus-activated kinase JAK–STAT pathway) גורמת לשגיאות בשיעתוק; ובמסלול PI3K-AKT (phosphoinositide 3-kinase PI3K/AKT pathway) נוצר מוות תאי (אפופטוזיס) מוגבר.

 

גישות לכריית מידע מן הספרות על מנת לזהות חלבוני איחוי סרטניים על מנת לסווג את השינויים הקורים ברשתות סרטניות (שת"פ ישראלי-דני בתמיכת הסוכנות הדנית למדע)

מטרת הפרוייקט לבחון את האפשרות לשימוש בכריית מידע (text mining) לצורך בניית מאגר מידע כולל של חלבוני איחוי, הרצפים הנוצרים מהם והאינטראקציות שלהם. כריית מידע הינה נושא מחקרי פעיל עשרות שנים, אך רק לאחרונה החלו להתפתח כלים לכריית מידע ביו-רפואי המאפשרים יישום למגוון רחב של שאלות. כריית מידע של מאמרים שלמים, ללא החומר המשלים שנלווה להם עדיין נמצא בשלבים מחקריים, שכן רוב היישומים הקיימים כיום מאפשרים כריית מידע מן התקציר בלבד, שהוא נגיש יותר. באופן דומה, מידע רב מריצופים של חלבוני איחוי הקשורים בסרטן נהיה נגיש לאחרונה הודות לשיטות הריצוף המתקדמות. על מנת להבין את המשמעות הביולוגית של כזו כמות גדולה של מידע יש צורך לנתח אותה בהקשר של הידע הביולוגי הרב העומד לרשותנו כיום. הדרך לביצוע בפועל עדיין עומדת כאתגר פתוח, כיוון שכל הידע הביולוגי נמצא במאמרים. בעזרת שיתוף פעולה דני-ישראלי זה נחקור כיצד ניתן ליצור ולנצל כלים לכריית מידע אשר יאפשרו לפתור את האתגרים האלו העומדים בפנינו.